Het brein is verdeeld in oud en nieuw brein. Het oude brein omvat de hersenstam, middenhersenen en kleine hersenen. Het nieuwe brein omvat het hersenmerg en de hersenschors van de grote hersenen. De hersenen sturen de SBSen aan met hun hersenrelais. In de conflictactieve fase is de Hamerse Haard schietschijfvormig en in de genezingsfase is er oedeem. Er bestaan geen hersentumoren in de zin van zenuwceldeling.